泛基因組包括核心基因組（Core genome）和非必須基因組（Dispensable genome）。其中，核心基因組由所有樣本中都存在的序列組成，一般與物種生物學功能和主要表型特征相關，反映了物種的穩(wěn)定性；非必須基因組由僅在單個樣本或部分樣本中存在的序列組成，一般與物種對特定環(huán)境的適應性或特有的生物學特征相關，反映了物種的特性。針對不同但又相互關聯(lián)的個體材料進行較高深度測序，單獨進行組裝，構建泛基因組圖譜，以期獲得該物種完整的遺傳信息。

泛基因組測序是運用高通量測序及生物信息分析手段，針對不同亞種/個體材料進行測序及泛組裝，構建泛基因組圖譜，豐富該物種的遺傳信息。泛基因組測序不僅可以獲得多個基因組，完善該物種的基因集，還可以獲得種群甚至個體特有的DNA 序列和功能基因信息，為系統(tǒng)進化分析及功能生物學研究奠定基礎。